Mhhh... Hört sich kompliziert an. Sind es viele Daten? Was für Daten sind das? Wenn es zum Beispiel einfache Textdateien (z.B. Quellcode) sind oder die Dateien einen gut zu identifizieren Header haben, dann kann man das ganze auch manuell machen.
Ansonsten könnte dir das hier helfen:
http://www.stud.uni-hannover.de/user/76201/gpart/
Backup des Bootsektors vorher natürlich nicht vergessen...