Soweit ich die Manpage verstehe, sucht systemd einfach danach und nimmt das, was es als erstes Ergebnis aus dieser Suche bekommt. Mit der Angabe von .conf kann man auf Nummer sicher sein, dass der Dateiname inklusive Suffix gesucht wird, was das Suchergebnis eindeutig macht.
Die Manpage „loader.conf“ schriebt dazu:
default
A glob pattern to select the default entry. The default entry may be changed in the boot menu
itself, in which case the name of the selected entry will be stored as an EFI variable,
overriding this option.
Außerdem wird auch gleich ein Beispiel angegeben.
EXAMPLE
# /boot/efi/loader/loader.conf
timeout 0
default 01234567890abcdef1234567890abdf0-*
editor no
The menu will not be shown by default (the menu can still be shown by pressing and holding a key
during boot). One of the entries with files with a name starting with
"01234567890abcdef1234567890abdf0-" will be selected by default. If more than one entry matches,
the one with the highest priority will be selected (generally the one with the highest version
number). The editor will be disabled, so it is not possible to alter the kernel command line.
Anhand der geposteten Informationen ist dieses Verhalten hier aber nicht als Fehlerquelle ersichtlich.