Es ist doch etwas anders als ich zunächst dachte... src/scribus-1.4.8/install_manifest.txt befindet sich nicht in den Quellen sondern wird während des build-Prozesse erstellt. Die eigentliche Änderung müsste in src/scribus-1.4.8/CMakeLists.txt vorgenommen werden, und zwar an dieser Stelle:
SET(MANDIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/man/")
Damit ist das Ziel das übergeordnete Verzeichnis, wie es auch der symbolische Link darstellt.
Dazu muss man aber erst die Quellen mit "makepkg -o" entpacken, die Korrektur vornehmen und dann mit der Option "-e" (damit das Quellarchiv nicht wieder entpackt und die Änderung überschrieben wird) bauen.
Im Paket standen danach die Dateien an der richtigen Stelle, installiert habe ich es aber nicht, weil ich es nicht brauche, aber versuche es mal so.
Wenn es funktioniert, müsste der AUR-Betreuer daraus einen Patch machen und ihn im PKGBUILD und in der prepare-Section aufrufen -> Bugreport!