Dass dies
mit ohne nodeadkeys passiert ist zu erwartendes und von den Machern gewünschtes Verhalten:
https://askubuntu.com/a/484514
Vielleicht überprüfst du mal, ob nodeadkeys tatsächlich verwendet wird.
Wenn ich hier unter Gnome das Tastaturlayour zwischen mit- und ohne Akzenttasten umstelle, wirkt sich dies nicht auf die Ausgabe von localectl aus, jedoch auf das Verhalten bezüglich des Hochstellens.