Update: Wenn das libGD Modul Zicken macht schmeiß ich es halt erstmal raus dachte ich mir und habe in der /etc/php/php.ini das libGD Modul wieder kommentiert:
extension=gd
zu
;extension=gd
und dann den Rechner rebootet.
Wenn ich jetzt
php -v
eingebe ist die Fehlermeldung/Warnung auch verschwunden.