Laut
Wiki müsste dies in einer der folgenden Dateien festgelegt werden:
$HOME/.config/$desktop-mimeapps.list
$HOME/.config/mimeapps.list
/etc/xdg/$desktop-mimeapps.list
/etc/xdg/mimeapps.list
Unter
Gnome stehen auch xdg-utils-Befehle, die beschreiben, wie dies in deinem Fall erledigt werden kann.
xdg-mime default org.gnome.Nautilus.desktop inode/directory