Ich persönlich schreibe in meinem Studium auch wahnsinnige viele Latex-Dokumente und habe dafür eine — in meinen Augen — sehr gute Lösung gefunden, nämlich der Org-Mode von Emacs zusammen mit eigenen Latex-Paketen.
Das Ganze erfordert jedoch einiges an Einarbeitung, allerdings ist der Org-Mode auch alleine schon ziemlich genial.
Der Vorteil ist, dass du zum eineren eine sehr knappere Markup schreibst. /kursiv/, *fett*, _understrichen_ * section, **subsection und so weiter. Auch Tabellen können einfacher erstellt werden:
| Spalte | Spalte | Spalte |
|---------+---------+---------|
| 1 | 2 | 3 |
Außerdem wird das editieren von Tabellen auch durch automatisches Ausrichten und so weiter unterstützt.
Du kannst dennoch beliebigen Latex-Code direkt in die Org-Datei schreiben.
Weitere Vorteile ist halt der Funktionsumfang des Org-Mode selbst. Durch Babel kannst du Programmcode in die Datei schreiben, der vor dem Export evaluiert wird. Zum Beispiel auch gnuplot (ich weiß nicht, wie gut speziell das unterstützt wird, aber man kann das auch nachrüsten): Du kannst eine gnuplot Datei referenzieren oder direkt in die Org-Datei schreiben, beim Export wird gnuplot aufgerufen und das dadurch erzeugte Bild direkt in die Latex-Datei eingebunden.
Im Org-Mode wird auch sehr gut das Selbstmanagement unterstützt. In deiner Org-Datei kannst du zum Beispiel Meta-Informationen wie eine Todo-Liste unterbringen und durch die Agenda-View siehst du dann zum Beispiel deine gesammelten Todo-Einträge.
Der Funktionsumfang des Org-Mode ist ziemlich groß, allerdings ist die Einarbeitung generell in den Emacs nicht besonders einfach. Wesentlich schwerer als bei vim, meiner Meinung nach. Ich will noch erwähnen, dass der Latex-Exporter nicht perfekt ist. Er hat Probleme mit verschachtelten Listen. Kein generelles Problem damit, sondern du kannst eine Subliste nur beenden in dem auch die nächst höhere Liste beendet wird. Lässt sich aber umgehen, wenn man die Listen-Items direkt in Latex schreibt, statt in Listen-Zeichen des Org-Mode.
Edit: Achso ja: Ich habe bisher nur Dokumente mit einigen Seiten umfang im Org-Mode geschrieben. Bei der Arbeit mit wirklich komplexen Dokumenten habe ich dort noch keine Erfahrung; vielleicht skaliert der Org-Mode nicht so gut.