Wenn es vornehmlich um die Konsolen/Shells geht sollte das auch gehen:
systemweit:
/etc/inputrc
set bell-style none
Um die "Rückmeldung" bei der Auto-Vervollständigung zu kriegen (ohne Glocke):
/etc/inputrc
set show-all-if-ambiguous On
set show-all-if-unmodified On
Wobei letztere eigentlich nur das zweimalige Tab-Drücken sparen.
Userspezifisch dann halt in die $HOME/.inputrc oder in die Konfig der jeweiligen
Shell (k.a. ob readline für alle Shells genutzt wird).
Ob auch "grafische Piepser" (also in der GUI/Windowmanager) ausgeschaltet werden
können kommt IMHO auf den Windowmanager an - KDE bietet glaube ich sowas
an.
Habe es selbst nicht ausprobiert, mich stört die Glocke nicht.