Dann stimmt wohl generell die Keyboard-Einstellung im X-Server nicht:
Section "InputDevice"
# generated from default
Identifier "Keyboard0"
Driver "kbd"
Option "XkbLayout" "de"
Option "XkbVariant" "nodeadkeys"
Option "XkbModel" "pc105"
EndSection
oder in Gnome ist das nachträglich "verstellt". Im KDE gibt es im Kontrollzentrum die Möglichkeit, andere/mehrere Tastaturlayouts zu verwenden - unabhängig vom XServer.
Evtl. mal entsprechend bei Gnome schauen.