Es kommt nicht nur drauf an ob du AA benutzt sondern ob die von Dir benutzten Fonts AA-Fonts sind (vielleicht sehen sie deshalb unter Fluxbox anders aus?).
Hier gibt es eine nette FAQ-Seite:
http://iphitus.loudas.com/fluxfaq.html
Dort steht unter anderem:
How do I enable Anti-Aliased fonts?
To enable Anti-Aliased fonts, enable the following option in the Fluxbox menu:
Fluxbox menu > Fluxbox > Configure > Anti-Aliasing