Hm, zur Lösung deines Problems kann ich leider nicht sehr viel beitragen, aber falls du auf was "schöneres" als das "alte" FAT32 setzen willst, probiers doch mal mit
http://www.fs-driver.org/index.html
Damit kannste mit Windows auf ext2 + ext3-Partitionen gleichermaßen zugreifen, der Treiber ist ziemlich ausgereift, da die Spezifikationen für die beiden FS ja bekannt sind... einfach installieren, in der Syssteuering unter IFS oder so ähnlich die Laufwerksbuchstaben vergeben und schön läuft das ganze... falls du ext3 benutzt, wird halt die Journalingfunktion unter Windows nicht gehen, aber das sollte nicht das Problem sein...
MfG,
hellwoofa