Wenn alle am Transport beteiligten Geräte die gleiche MTU-Size verwenden hast du keine (andere, "natürliche") Fragmentierung als wenn dieser Wert z.B. 1432 wäre anstatt der 1500.
Der DATA-Anteil am Paket darf halt nicht >= der MTU sein. I.d.R. ist dieser um genau die Bytes geringer, die für Transport+Vermittlung des einzelnen Paketes gebraucht werden.
Eine MTU von 1500 ist für Ethernet der "Standard"-Wert, wird also bei Aktivierung der NIC bzw. beim Link-Aufbau gesetzt/ausgehandelt. Siehe auch z.B.:
https://de.wikipedia.org/wiki/Maximum_Transmission_Unit
Problematisch wird es ja nur, wenn andere Transportmedien beteiligt sind die - aufgrund ihrer eigenen Verwaltungsdaten(Overhead) - mit dem empfangenen Data+Head plus eigener Headsize dieses Paket dann aufteilen müßten. (PPPoE ist solch ein "typischer" Fall).
Fragentierung bzw. der Umgang damit ist ein "natürlicher" Vorgang innerhalb des Transport-Modells. Ob sich der Aufwand einer "Optimierung" letztendlich lohnt ist IMHO umstritten und vom jeweils konkreten Fall/Umgebung abhängig.
//Edit: Wo wird der Wert festgelegt?
Die Voreinstellung von 1500 für Standard-Ethernet wird im AFAIK im/vom Kernel bzw. dem Netzwerkstack festgelegt bzw. ist dort einstellbar. Es gibt AFAIK keine "Datei" in der dieser Wert einstellbar wäre.
Um es in einer eigenen Umgebung für alle Beteiligten anders zu setzen wären die Ansätze:
a) managbarer Switch/Hub (d.h. beim Link-Aushandeln würde der geänderte Wert verwendet)
b) Per DHCP gemanagte IP-Setups kann AFAIK der Client (oder besser der Server) eine abweichende MTU setzen
c) Per verwendetem Netzwerk-Management-Tool (bei dir z.B. der networkmanger)
d) per expliziter Anderung z.B. mittels:
ip link set dev <name> mtu <size>