Ja, mit LUKS wäre das ein eigener LUKS-Container pro Partition. Wie man beim Booten dann beide aufbekommt, ist dann so die Frage. Da gibts verschiedene Ansätze - eigener initcpio-Hook (z.B. encrypt für den ersten Container und encrypt2 für den zweiten
https://wiki.archlinux.org/index.php/Dm-crypt/Specialties#Modifying_the_encrypt_hook_for_multiple_partitions ), oder systemd das machen lassen. Bei systemd gibts die Möglichkeit das Passwort nur einmal eingeben zu müssen, wenn die anderen LUKS-Container auch einfach das gleiche Passwort haben. (
https://www.freedesktop.org/software/systemd/man/systemd-ask-password.html systemd ask password cache ). So gehen dann beliebig viele Container mit nur einer Eingabe auf. Ich bin mir aber nicht sicher ob das System bei ArchLinux mit systemd-Hooks automatisch aktiv ist.
Du kannst natürlich auch LVM unverschlüsselt und dann die LVs verschlüsseln. Dann hast du nur einen Container fürs Root-LV, aber für Home usw. usf. halt jeweils nochmal einen. Es sei denn du machst wirklich nur ein LV für alles. Stirbt die erste Platte sind die Daten auf der zweiten auch nutzlos. Funktioniert auch ist aber nicht so mein Fall. Ich hab LVM ja gerade um viele kleine LV verwalten zu können ohne mir jedesmal aufs neue Gedanken über die Verschlüsselung machen zu müssen.