OK, dann ist mein erster Gedanke zu einer möglichen Problemursache hinfällig.
Dein Vorgehen sieht IMHO gut aus.
Zur möglichen Ursache(n): Ich bin mir nicht sicher, ob du für ein einzelnes Gnome-Programm - welches du aus deiner bestehenden Sitzung/Umgebung als "Normaluser" als anderer User startest - überhaupt Einstellungen verändern kannst, z.B. Dinge wie Schriftart-/-größe, Farben, usw.
Gerade unter recht "abgeschotteten" Deskopumgebungen wie Gnome - wo viele Einstellungen nicht unbedingt programmspezifisch, sondern über eine Sitzung/Umgebung mittles interner Mechanismen wie gconf, dbus geregelt werden, also grob gesagt eine Art Registry - dort fehlt dem "anderen User"(hier dann root) eben genau eine eigene Sitzung/Umgebung, es gilt also weiterhin die aufrufende (Normaluser)-Sitzung, worauf der andere User dann (meist zurecht) keinen Zugriff hat. Es wäre ja auch nicht richtig, wenn root die gedit-Einstellungen ändern könnte, diese dann aber auch für den Normaluser gelten würden.
Speziell hinzu kommt wohl noch, ob Gnome unter XOrg oder Wayland läuft. Unter Wayland ist die "Sitzung" wohl noch abgeschotteter als unter XOrg, ich habe mal zwei Links aus dem englischen Forum rausgesucht die daß etwas anreißen:
https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php?id=221346 (Post #5 ist ggf. interessant)
https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php?id=221618 (also die Variante über gksu/gksudo)
Kurz: es kann durchaus sein, und da fehlt mir die Erfahrung mit Gnome/Wayland, daß du zwar - wie oben gemacht - den gedit-Editor als root starten/nutzen kannst, aber mit den Einstellungen der aufrufenden Sitzung leben mußt.
Alternativ ist bei sowas mein Ratschlag: Ein Editor als root nutzt man ja i.d.R. zum Editieren von (Konfig-)Textdateien mit den dazu notwendigen (Schreib-)Rechten. Und nicht zum Gedichte verfassen ;-)
Ich würde dazu immer zu einem Editor raten, der möglichst unabhängig von der laufenden Sitzung arbeiten kann, gerade wenn dieser mittels Sitzung-/Userwechsel-Mechanismen gestartet werden soll. Ausreichend für den Zweck ist doch eigentlich ein Konsolen-Texteditor wie nano, mcedit(aus mc), vi(m), emacs usw.
Vorteil von diesen sind dann auch, daß diese für root (bzw. den "anderen User") einfachst separat konfigurierbar wären und daß diese Einstellungen auch genutzt werden würden.