Die alten Mainboards hatten teilweise eine Art Sparversion von PCI Steckplatz die nicht voll beschaltet war. Die war unter anderem für spezielle Soundkarten (keine normal PCI) die dann auch nur in diesem Slot funktionierten.
Es kann aber auch ein Resourcenkonflikt sein. da sich die Slots die Adressen mit Komponenten vom Chipsatz teilen, Onboard LAN als Beispiel.
IRQ FAQ
Von einem allgemeinen PCI-Bug habe ich jedenfalls noch nichts gehört.