Der einzige Grund, der mir einfällt, um nemo als root laufen zu lassen, ist wenn man sich als root eingeloggt hat und eine graphische Oberfläche nutzt. Aber dann hat man ganz andere Probleme.
Wenn man
pkexec nemo
nutzen möchte, dann empfiehlt es sich, eine entsprechende PolicyKit action anzulegen.
Ich nutze unter Arch kein Gnome, aber meines Wissens sollte in Gnome eigentlich mit GVFS das admin://-backend funktionieren, also beispielsweise
nautilus admin:///etc
Dann läuft nautilus nur mit normalen Nutzerrechten. Ob das mit nemo auch funktioniert, weiss ich nicht.