Am einfachsten wäre es, yaourt nur aufzurufen, wenn aus dem AUR gebaut werden soll, und ansonsten einfach pacman aufzurufen.
Alternativ könntest du dich nach einem anderen AUR-Helper umsehen. Yaourt ist nicht mehr zu empfehlen. Neben
einigen anderen ist trizen in aktiver Entwicklung.
Wenn du dir etwas mehr Arbeit machen willst, die sich langfristig aber auszahlt, erstelle dir ein eigenes Repo und teile dies zwischen deinen Rechnern.
Die aurutils unterstützen dabei ganz gut.